Tutaj masz problem bardziej "prawny". Baza LPIS nie jest bazą działek tylko bazą obiektów powierzchniowych o kształtach i powierzchniach zbliżonych do działek ewidencyjnych, ale służących tylko rozliczeniu unijnych dopłat do rolnictwa. Tzn że nie możesz połączyć ich w jedną bazę do celów geodezyjnych. To nie są granice działek np do mapy do celów projektowych.
Te "podgikowe" bazy zostały założone i  ktoś analizował materiały źródłowe, ktoś był na gruncie i spisał jakieś protokoły, ktoś w podgik to sprawdził i widział, że nie jest to lipa, część pochodzi z podziałów zatwierdzonych decyzjami itd. To jest materiał geodezyjny. LPIS taki nie jest. A tym samym nie możesz wprost połączyć LPISu z dobrze opracowanymi bazami ośrodka. To się ma obowiązek nie zgadzać i nie zgrywać.

W ewmapie działki są obiektami, złożonymi z punktów granicznych, połączeń liniami granicznymi, te elementy posiadają swoje parametry i całość podlega topologicznej analizie poprawności. SHP aż tak złożony nie jest, dlatego po eksporcie nie uzyskałeś zgodności.
Możesz w takiej bazie (przeznaczonej dla poprawnie opracowanych danych) założyć lipne (LPISowe) obiekty, o których będziesz mówił "działki", ale to nie zmienia niestety ich prawdziwej natury.

Zresztą takie podejście gisowe jest mocno niegeodezyjne.