Czy po eksporcie operatów w konfiguracji poszczególnych baz zmieniłeś ścieżki to nowego pustego katalogu 
Oczywiście :coolsmiley:
czy przez eksportem upewniłeś się że numery operatów mają unikalny numer (niepowtarzalny).
Nie sprawdzałem ale na 99,9% maja różne numery.
Nie sądzę aby tutaj leżał problem.
Czytałem pomoc ewmapy i tam pisze coś takiego
Identyfikacja operatów następuje na podstawie numeru rekordu, dlatego nigdy nie należy kopiować plików binarnych z operatami pomiędzy bazami.
Ja rozumiem to tak że numer rekordu to kolejne wiersze w bazie operatów (w okienku Operaty).
Wtedy np. przyziemie budynku ma przypisany operat znajdujący się w drugim rekordzie (drugim wierszu w bazie operatów) czyli np. 400-51/2010
Jeśli teraz dokonamy importu operatów z pliku to wiadomo że liczba wierszy/rekordów ulegnie zmianie (może też zmienić się ich kolejność).
Spowoduje to że w drugim rekordzie będzie wpisane całkiem coś innego niż 400-51/2010.
Wpadł mi do głowy jeszcze jeden pomysł
Scal wszystkie wyeksportowane operaty w jeden plik i za pomocą tekstpada wyczyść o powtarzające się linie ... zobaczymy ile było przed tą operacją a ile po.
Jeśli to co napisałem wyżej jest prawdą to scalenie nic nie pomoże.