Generalnie programy nieobslugujace geotiffa (traktujace go jako zwykly tiff) podczas obrobki "psuja" georeferencje.
*.tfw utworzony razem z geotiffem ratuje sprawe, pod warunkiem, ze georeferencja jest odczytywana z niego z a nie z geotiffa jak w moim przypadku.
Na FAQ o geotiff znalazlem odnosniki do biblioteki geolibtiff, mozna tam znalezc kod do eksportu/importu georeferencji z plikow i wielu innych operacji.
Sa tez gotowe programiki do transferu metadanych pod rozne systemy, nie testowalem, zakladam ze dziala.
Wiem juz, ze Wiseimage 10 pozwala na obrobke geotiffa nieuszkadzajac przy tym metadanych

Czyszczenie kolorowych rastrow to troche inne zagadnienie, ale z tego co wiem mozna odpowiednimi filtrami powyciagac z monochromatycznych wartosci posrednie i potem odpowiednio je zaokraglic.
Mam w glowie, ze gdzies w fotogrametrii byly uzywane ciekawe filtry do tego, bede o tym myslal.
W chwili obecnej planuje poszukac ISRU, sprawdzic mozliwosci GEO GRASS, dowiedziec sie czy C Raster z CGEO "psuje" georeferencje, pomyslec nad wdrozeniem mozliwosci z geolibtiff i poczytac wiecej o Wiseimage

Dziekuje za pomoc i wsparcie.
Ps. Poczytac na forum o rastrach kolorowych...