No to może zacznę od zapisów Prawa wodnego (pewnie znasz ale wrzucę):
Art. 14a.
1. Grunty pokryte wodami powierzchniowymi płynącymi, stanowiącymi własność Skarbu Państwa, są zasobem nieruchomości Skarbu Państwa, do którego nie stosuje się przepisów ustawy z dnia 21 sierpnia 1997 r. o gospodarce nieruchomościami (Dz. U. z 2014 r. poz. 518, z późn. zm.7)).
2. Przejście gruntów pokrytych powierzchniowymi wodami płynącymi do zasobu, o którym mowa w ust. 1, oraz ich wykreślenie z zasobu stwierdza, w drodze decyzji, na wniosek właściwego organu lub jednostki, o których mowa w art. 11 ust. 1, właściwy starosta realizujący zadanie z zakresu administracji rządowej.

Art. 15.
2. Linię brzegu ustala, w drodze decyzji, na wniosek mającego interes prawny lub faktyczny: (...)

Art. 17.
1. Jeżeli śródlądowa woda powierzchniowa płynąca lub wody morza terytorialnego albo morskie wody wewnętrzne zajmą trwale, w sposób naturalny, grunt niestanowiący własności właściciela wody, grunt ten staje się własnością właściciela wody.
2. W przypadku, o którym mowa w ust. 1, dotychczasowemu właścicielowi gruntu przysługuje odszkodowanie od właściciela wody na warunkach określonych w ustawie.

Więc ja to widzę tak, części działek zmieniły właściciela, bo zostały zajęte przez wodę płynącą. Na potrzebę połączenia działek/ ustalenia granic itp. musisz zrobić aktualizację EGiB, która w tym przypadku jest nie aktualna również z tego powodu. Podejrzewam, że w ten sposób zarządca wody będzie tłumaczył i niestety ma sporo racji.. Jak trafisz na w miarę rozsądnych urzędników (zarządca i ODGiK), to może pójdą Ci na rękę, ale niestety moim zdaniem wcale nie muszą. Więc powinieneś przed swoją robotą zrobić ustalenie linii brzegu osobnym operatem a z właściwym zleceniem na dodatek poczekać na wydanie decyzji.