Pogubiłem się trochę w opisie. Może dlatego, że wcięło część wypowiedzi. Jest "po pierwsze" a nie ma "po drugie". I opis lekko zagmatwany.
Z tego co zrozumiałem, to pomieszałeś eksporty/importy. Mówisz o pobraniu gml, a następnie piszesz o eom, czyli eksporcie obiektów w formacie ewmapy. Jeżeli importujesz gml, to do PODGiK eksportuj w tym samym formacie, czyli gml.
Bazę roboczą możesz przygotować wcześniej, ale to co narysujesz dogrywaj do danych z ośrodka a nie odwrotnie. Tu problem widzę w bazie gesut, bo importując dane z ośrodka dostajesz także słownik władających sieciami i rysując swoje elementy korzystasz z pozycji z tego słownika. Jeśli zachowasz spójność w formacie importu i eksportu nie powinno być problemu z wymianą danych PODGiK -> Wykonawca -> PODGiK.