Mechanizm jest "różnicowy".
Jeśli masz zaimportowane z pliku do czystej bazy raz jako baza do zmieniania raz jako baza "niby-ośrodkowa" a potem z tej pierwszej po zmianach wyeksportujesz do pliku modyfikującego i ten właśnie plik zaimportujesz do bazy "niby-ośrodka" to teoretycznie powinieneś mieć elementy zarówno zaimportowane nowe, jak i usunięte te usuwane.
ALE czy faktycznie tak zadziała to nie jestem taki pewien, bo tutaj ważne są indeksy poszczególnych elementów. Jeśli plik jest wydany z innej bazy (bo baza "ośrodkowa" i niby-ośrodkowa" mają jednak inne indeksy elementów na warstwach, to może się okazać że coś nie zadziała.
Tak sobię myślę, że należałoby u siebie importować do czystej bazy plik do modyfikacji (baza A). Z niej zrobić sobie robocze wydanie do modyfikacji. Założyć bazę B na podstawie tego roboczego pliku. Na tej bazie roboczej wykonać zmiany. Potem zaimportować do bazy A zmiany wykonane na bazie B i dopiero z bazy A po zaimportowaniu wydać plik dla ośrodka...
Żeby to sprawdzić na 100% musiałbyś mieć kopię bazy z ośrodka. Jak rozumiem to nie jest możliwe do uzyskania.