Technicznie zmieniasz najpierw kod obiektu na EGBB01, a następnie przenosisz elementy na właściwą warstwę. Tylko nie rozumiem tego motywu z cyklem życia obiektu. Dostajesz obiekty do modyfikacji, zmieniasz co trzeba i oddajesz. Obiekt ma zachowany identyfikator, więc w bazie podgik cykl życia powinien być zachowany. Nie wiem, w czym jest problem.

Jeśli eksport z warstw, tworzysz blok zadając warunek z datą modyfikacji a potem eksport z bloku do formatu tekstowego wielu warstw.
Przy obiektach zaznaczasz obiekty (koniecznie zaznacz "modyfikuj listę zaznaczonych obiektów" a potem eksport z zaznaczoną opcją "obiekty z listy zaznaczonych".

Problem ze znakami końca linii może powstawać podczas przesyłania mailem niepakowanych plików tekstowych.

Możesz zautomatyzować czynności. Sprawdź:
Obiekty\Budowa obiektów punktowych
Obiekty\Budowa obiektów powierzchniowych
Obiekty\Przeniesienie do obiektów

Olej to, do większości robót już nie będziesz musiał wracać. Kopie baz oczywiście zostaw na dysku. Wywal ze swojego pliku baza.ini te wpisy, dla których nie masz scieżek do baz, żeby się nie wyświetlały w ewmapie przy wyborze bazy. Jak przyjdzie potrzeba, dodasz sobie konkretny wpis i tyle, po co dłubać pozostałe kilka setek wpisów??
Notatnik nie jest jedynym narzędziem, ale jest najlepszy 

Możesz spróbować otworzyć gml tym:
https://swdemanagerlt.pl/manager.htm?t=gmlegib (działa tylko na Internet Explorerze. Inne przeglądarki już nie obsługują silverlight)
Jeśli się uda wczytać, możesz później wyeksportować do shp lub dxf jeśli taki format coś da.
Do podglądu możesz wykorzystać darmowy QGIS: https://qgis.org/pl/site/forusers/download.html

W gml'a możesz ingerować nawet notatnikiem (jednak bardziej polecam notepad++ z zainstalowaną wtyczką xml tools). To jest plik tekstowy.  Grzebanie w gml jest jednak dość ryzykowne, i nie wiem, czy nie powinieneś z tymi błędami zgłosić się do PODGiK.

Sprawdź GML'a walidatorem EGiB. Będziesz wiedzieć, czy jest zgodny ze schematem czy nie.
http://www.gugik.gov.pl/projekty/zsin-faza-i/wsparcie-dla-powiatow

Napisz jeszcze jakiej bazy dotyczy problem (BDOT500, EGiB, GESUT). Obstawiam, na czuja, że jest GML niezgodny ze schematem z rozporządzenia (w ewmapie jest możliwość zrobienia takiego).

A ten glm skąd jest pozyskany?

Daj pomiar powierzchni tworzonego kształtu i zobacz, czy powierzchnia zostanie zmierzona, a jeśli nie, na którym węźle się ten pomiar wyrąbał (będzie różny kolor odcinków). Dodatkowo warto zaznaczyć Baza\konfiguracja\obiekty\ustawienie ogólne\ "szrafuruj aktywny obiekt powierzchniowy". Będziesz wtedy widzieć, czy właściwie są podłączone "enklawy" i ogólnie poprawi się widoczność zasięgu obiektów (szczególnie w przypadku gęstych map i nakładania się na siebie wielu linii)

To są błędy kontroli wykonanej ewopisem (plik/kontrola danych/kontroluj dane wg nowego rozporządzenia) czy błędy przy kontroli walidatorem EGiB?

Zobacz, czy poprawnie zainstalowałeś firebirda. Ja np nie zaznaczyłem kopiowania bibliotek gds32.gll (domyślnie przy instalacji nie jest to zaznaczona) i miałem problem z dostępem do baz. Miałem inne komunikaty o błędach niż Twoje, ale na wszelki wypadek sprawdź poprawność instalacji.

https://geobid.pl/pdf/Migracja-danych-do-FB-3.pdf

Czy bazy prowadzone są w tej samej wersji firebird, którą instalujesz?
Gdybyś instalował wersję nowszą niż bazy, przy pierwszym uruchomieniu bazy się "podniosą" do nowszej wersji. Przy instalacji starszej, nie mam pojęcia co się stanie (pewnie problem z otwarciem baz).

Baza może być tylko częściowo zobiektowana, wówczas powinieneś dostać eksport warstw i obiektów, lub w jednym pliku multieksport, co jest zdecydowanie najfajniejszą formą wymiany plików do modyfikacji / modyfikujących.