Czyszczenie całej bazy:
1. usuwasz działki w Działki\Przeglądanie aktywnej bazy
2. usuwasz luźne punkty w Punkty\Usuwanie punktów izolowanych
3. usuwasz archiwum w Działki\Usuń archiwum
4. uruchamiasz indeksowanie bazy w Działki\Kontrola danych\Indeksowanie itd.

Powinno zadziałać. Czasem trzeba jeszcze wyjść i wejść ponownie do EWMAPY

"usuń archiwum" zgodnie z nazwą i procedurą opisaną w Pomocy usuwa archiwum, a nie stan obecny.
jak klikasz "odczytaj wszystko" to odczytują się "aktualne" działki, a nie "stare".
obecny stan bazy można usunąć albo wchodząc w "Przeglądanie bazy" i usuwanie klawiszem "del" albo poprzez skasowanie plików w katalogu działek i pozwolenie ewmapie założyć nową bazę.

Jak trwale usunąć działki, kontury i użytki odpowiednio z głównej bazy i baz konturów i użytków?

Klikam usuń archiwum, ale gdy klikam odczytaj wszystko, odczytują się stare działki itd.