Oczywiście że tak.
Transformować możesz np. dane zamieszczone na warstwach, działki, użytki, rastry.
Dodatkowo istnieje opcja transformacji w locie, czyli np. baza prowadzona jest w układzie 2000 a ty otrzymałeś plik do wgrania w układzie 65.
W takim wypadku podczas importu pliku zaznaczasz tylko opcję że ten plik jest w układzie 65 a ewmapa robi transformacje w locie na układ 2000.
Transformacja w locie możliwa jest także podczas eksportu.
Masz np. bazę w układzie 65 a chcesz otrzymać np. dxf`a z mapą zasadniczą w układzie 2000.
Wtedy też podczas eksportu zaznaczasz odpowiednią opcję i ewmapa dokonuje transformacji w locie.
Tu masz tutorial który oprócz wpasowania rastra pokazuje jak dokonać transformacji miedzy układami.