Spróbuj w MikroMap. Jest tam opcja "Sklejanie rastrów". 30 dni masz pełną wersję za darmo.

http://www.coder.pl/password/upgrade.htm

http://www.dobreprogramy.pl/Tworzenie-panoram,Kategoria,Windows,186.html
Może coś z tego wybierzesz

Problem:
zeskanowany plan scaleniowy w kawałkach wielkości A3, duże wzajemne pokrycie (rzędu 30%), na każdym jest za mało punktów żeby wpasować, a łączenie w Paint to nie to!

Rozwiązanie:
program do łączenia rastrów w jeden duży, tak jak panoramę, ale... programy te zakładają w większości, że panorama pochodzi ze zdjęć tzn. rzut środkowy a nie ortograficzny jak przy skanie. No i niestety trochę krzywią obraz. Znalazłem jeden program który robi całkiem ładnie, niestety jest w wersji trial i wstawia co kawałek swoją nazwę.

Oczekiwane rozwiązanie:
program darmowy, rozumiejący potrzeby użytkownika, i do ściągnięcia zaraz