Widocznie Cezary popełnił zbyt pełną odpowiedź.
Tak, można:
1. Aktywować operat i je usunąć (jeśli są niepotrzebne, nieistniejące albo błędne)
2. Zatwierdzić zmianę i cieszyć się z aktualności tej bazy.

a czy można coś zrobić z tymi budynkami, których nie można usunąć bez zatwierdzania zmian w operacie?

Zatwierdzenie operatu powoduje zapis zmian do bazy oraz nadanie elementom odpowiednio statusu "aktualny" zamiast "do dodania" oraz "archiwalny" na miejsce "do usunięcia". Pracując w "zmianach bezpośrednich" zapis do bazy następuje niejako na bieżąco, i w każdym momencie można ponownie aktywować operat i dokonywać kolejnych modyfikacji. Po zatwierdzeniu operatu nie ma możliwości dokonania jakiejkolwiek zmiany pod danym operatem (dlatego GEOBID wprowadził operacje dla operatów, które dla Ewmapy są nowym operatem). Zatwierdzanie, czyli blokada przed kolejnymi zmianami pod tym samym operatem ma znaczenie w przypadku ODGiK'ów oraz zasilania baz centralnych.

Co właściwie daje zatwierdzenie zmian w operatach? Czy można później edytować inne obiekty?

Po zatwierdzeniu operatu i wczytaniu ponownie bazy powinny się pojawić, jeśli były wprowadzone przy wyłączonych zmianach bezpośrednich.

Dzień dobry,
robimy dużą modernizację EGiB około 4 tys. budynków, pracowaliśmy na wersji sieciowej.
Po dokonaniu analizy obiektów okazało się, że istnieje 14 budynków, które w przypadku gdy operat jest nieaktywny nie pojawiają się na mapie, a gdy uaktywnimy operat - pojawiają się.
Dodatkowo nie można ich ani edytować, ani usunąć ( komunikat " nie można edytować/usunąć obiektu, ponieważ jest on nieaktualny"). Śmiem twierdzić, że obiekty zostały dodane przy wyłączonych zmianach bezpośrednich. Dodatkowo obiekty mają status "do dodania". Nikt obecnie nie edytuje tej bazy, 
Czy można cokolwiek zrobić aby usunąć te obiekty i wprowadzić na nowo tak aby nie generowały błędów? Po zatwierdzeniu zmian dla operatu, obiekty znikają.

Pozdrawiam